硬盘的软故障即非物理性故障，比如主引导记录、分区表、启动文件等被破坏而导致系统无法启动，硬盘被病毒感染造成无法运行，以及非法操作、维护不当等。
主引导记录损坏
由于病毒的破坏或操作上的失误，使硬盘主引导记录损坏，硬盘将无法启动。开机后系统提示“Diskbootfailure,Insertsystemdiskandpressenter”，告诉您找不到启动分区硬盘或者硬盘上没有启动文件，请插入启动盘后按“回车”键。如果BIOS中的硬盘设置正确，而且可以从软盘或光盘启动后能找到您的硬盘，那么您的机器不过是因为Windows启动文件或硬盘的主引导扇区被破坏罢了。
硬盘的主引导扇区是硬盘中的最为敏感的一个部件，其中的主引导程序用于检测硬盘分区的正确性并确定活动分区，负责把引导权移交给活动分区的DOS或其他操作系统，此段程序损坏将无法从硬盘引导。
修复此故障最简单的方法就是使用高版本DOS的Fdisk带参数/mbr运行(即执行“FDISK/MBR”命令)，直接覆盖(重写)硬盘的主引导程序(fdisk.exe之中包含完整的硬盘主引导程序)的代码区。由于从DOS时代直到目前的Windows系统，硬盘的主引导程序一直没有变化，所以只要找到一种DOS引导盘启动系统并运行此程序即可修复。
在硬盘主引导扇区中还存在一个非常重要的部分，那就是其最后的两个字节：55AA，此为扇区的有效标志。当从硬盘、软盘或光区启动时，将检测这两个字节，如果存在则认为有硬盘存在，否则将不承认硬盘。
Fixmbr
Fixmbr是一个DOS下的应用小工具，只有12KB，专门用于重新构造主引导扇区。直接运行Fixmbr，它将检查MBR结构，如果发现系统不正常则会出现是否进行修复的提示。如果回答“Yes”，它将搜索分区。当搜索到相应的分区以后，系统会提示是否修改MBR，回答“Yes”则开始自动修复。如果这时出现死机现象，请将BIOS中的防病毒功能禁止后再做。缺省的状态下将搜索所有已经存在的硬盘，并完成以上操作。如果完成的结果不对，可以用“/Z”参数将结果清空后重新启动，就可以恢复到原来的状态。
执行“FIXMBR/?”可得到FIXMBR的帮助信息如下：
Usage:FIXMBR[DriveNo][/A][/D][/P][/Z][/H]DriveNoHarddiskscope0-3,defaultisalldrive.(指硬盘号，0表示第一个硬盘)/AActiveDOSpartition.(激活基本DOS分区)/PDisplaypartition.(显示DOS分区的结构)/DDisplayMBR.(显示主引导记录内容)/ZZeroMBR.(将主引导记录填零)/HThismessage.(本帮助信息)
KV3000
KV3000具有非常强大的主引导记录和分区修复的功能。我们可以先用软盘启动后，执行KV3000，按下“F6”键，就可查看已经不能引导的硬盘隐含扇区，即查看硬盘0面0柱1扇区主引导信息是否正常。如果在这里没有找到关键代码，即硬盘分区表关键代码“80”、“55AA”，那么硬盘本身将不能引导，即使软盘引导后也不能进入硬盘。这时，可按动翻页键“PgDn”或“PgUp”键，在硬盘的隐含扇区内查找，如有，会在表中出现闪动的红色“80”和“55AA”，并响一声来提示你，下行会出现一行提示，“F9=SaveToSide0Cylinder0Sector1!!!”。这时，按一下“F9”键，就可将刚找到的在表中显示出的原硬盘主引导信息，覆盖到硬盘0面0柱1扇区中，然后机器会重新引导硬盘，恢复硬盘的主引导记录。
硬盘被“逻辑锁”锁定
“硬盘逻辑锁”是一种很常见的恶作剧手段。中了逻辑锁之后，无论使用什么设备都不能正常引导系统，甚至是软盘、光驱、挂双硬盘都一样没有任何作用。
“逻辑锁”的上锁原理：计算机在引导DOS系统时将会搜索所有逻辑盘的顺序，当DOS被引导时，首先要去找主引导扇区的分区表信息，然后查找各扩展分区的逻辑盘。“逻辑锁”修改了正常的主引导分区记录，将扩展分区的第一个逻辑盘指向自己，使得DOS在启动时查找到第一个逻辑盘后，查找下个逻辑盘总是找到自己，这样一来就形成了死循环。
给“逻辑锁”解锁比较容易的方法是“热拔插”硬盘电源。就是在当系统启动时，先不给被锁的硬盘加电，启动完成后再给硬盘“热插”上电源线，这样系统就可以正常控制硬盘了。这是一种非常危险的方法，为了降低危险程度，碰到“逻辑锁”后，大家最好依照下面两种比较简单和安全的方法处理。
UltraEdit
首先准备一张启动盘，然后在其他正常的机器上使用二进制编辑工具(推荐UltraEdit)修改软盘上的IO.SYS文件(修改前记兹将该文件的属性改为正常)，具体是在这个文件里面搜索第一个“55AA”字符串，找到以后修改为任何其他数值即可。用这张修改过的系统软盘你就可以顺利地带着被锁的硬盘启动了。不过这时由于该硬盘正常的分区表已经被破坏，你无法用“Fdisk”来删除和修改分区，但是此时可以用前面介绍的关于分区表恢复的方法来处理。
DM
因为DM是不依赖于主板BIOS来识别硬盘的硬盘工具，就算在主板BIOS中将硬盘设为“NONE”，DM也可识别硬盘并进行分区和格式化等操作，所以我们也可以利用DM软件为硬盘解锁。
首先将DM拷到一张系统盘上，接上被锁硬盘后开机，按“Del”键进入BIOS设置，将所有IDE接口设为“NONE”并保存后退出，然后用软盘启动系统，系统即可“带锁”启动，因为此时系统根本就等于没有硬盘。启动后运行DM，你会发现DM可以识别出硬盘，选中该硬盘进行分区格式化就可以了。这种方法简单方便，但是有一个致命的缺点，就是硬盘上的数据保不住了＾＿＾。
分区表遭到破坏
分区表错误是硬盘最严重的错误之一，分区表数据的损坏将造成该分区的混乱或丢失，一般无法进行手工恢复，惟一的方法是用备份的分区表数据重新写回，或者从其他的相同类型的并且分区状况相同的硬盘上获取分区表数据，否则将导致其他的数据永久的丢失，然而以下这些工具将帮助我们把损失降到最低限度。
KV3000
在KV3000的主菜单上，按下“F10”键，就可对系统的有关参数和硬盘分区表快速测试，如果硬盘分区表不正常，KV3000会先将坏分区表保存到软盘上以防不测，再自动重建硬盘分区表，使硬盘起死回生。但如果硬盘只有一个分区，而且文件分配表(FAT表)、文件目录表(ROOT表)严重损坏，数据已经都没有了。那么，用这个功能即使恢复了C盘分区表，数据也不能恢复。这时需要配合其他的硬盘修复工具来恢复数据。如果硬盘还有D、E……等几个分区，一般情况下，KV3000能找回后面没有被破坏掉的分区，重建一个新的硬盘分区表，然后，再用DOS系统软盘引导机器后，就可进入硬盘后面几个分区，将数据导出后，再将硬盘重新分区、格式化。
DiskGenius
DiskGenius，全中文经典硬盘分区表维护软件，采用纯中文图形界面，支持鼠标操作。作为一款硬盘分区管理工具，它不仅有建立分区、删除分区、激活分区等功能，而且还具有其他工具所无法比拟的优势：
(1)提供更灵活的分区操作，支持分区参数编辑；(2)提供强大的分区表重建功能，迅速修复损坏了的分区表；(3)支持FAT/FAT32分区的快速格式化；(4)在不破坏数据的情况下直接调整FAT/FAT32分区的大小；(5)自动重建被破坏的硬盘主引导记录；(6)为防止误操作，对于简单的分区动作，在存盘之前仅更改内存缓冲区，不影响硬盘分区表；(7)能查看硬盘任意扇区，并可保存到文件；(8)可隐藏FAT/FAT32及NTFS分区；(9)可备份包括逻辑分区表及各分区引导记录在内的所有硬盘分区信息；(10)提供扫描硬盘坏区功能，报告损坏的柱面。
DiskGenius的最过人之处就在于它的硬盘分区表恢复功能，主要用于当硬盘分区表被破坏时，通过未被破坏的分区引导记录信息重新建立分区表。进入“工具”菜单，选择“重建分区表”进行硬盘分区，这时系统会给出“自动方式或交互方式”，一般情况下选择“自动方式”，而交互方式对发现的每一个分区都给出提示，由用户选择是否保留。只要硬盘没有被格式化，一般是可以恢复硬盘的分区表的，修复后必需存盘退出，重新启动系统即可正常。
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